Les clans sont pour le plus souvent basés dans un village. Ils réunissent des ninjas d'un même sang ou rentrés par approbation des plus anciens grâce à des rituels. Ils apportent aux membres qui en font l'intégration, des pouvoirs héréditaires qui augmentent leurs capacités au combat. Tous les membres sont reconnaissables grâce aux noms qu'ils portent.
   Notez qu'il peut arriver que des tournois ou des évènements, opposent des clans entre-eux. Et comme ceux-ci sont rattachés à un village, le système de renommée s'appliquera de la même manière qu'à un tournoi normal.
   Il faut néanmoins savoir qu'il sera impossible à un personnage d'être dans plusieurs clans en même temps. De même que lorsque vous choisissez d'appartenir à l'un d'entre-eux, que ce soit lors de votre présentation ou lors de votre aventure, il ne vous sera pas possible d'en changer, sauf cas exceptionnel.
   Deux choix s'offrent alors à vous. Vous pouvez soit décider de rejoindre un déjà existant,  soit décider, après approbation, de créer votre propre clan avec sa propre histoire, son propre nom et son propre pouvoir. Vous pouvez consulter le formulaire création d'un clan pour vous donner une idée de la marche à suivre.

Pour résumer :
- Un clan est intégré à un village.
- Vous pouvez porter le nom de votre clan.
- Vous ne pouvez appartenir à plusieurs clans.
- Les clans confèrent à ses membres des pouvoirs inédits.
- Vous ne pouvez changer de clan.
- Des guerres et des tournois entre les clans seront organisés.
- Vous pouvez créer votre propre clan.